Prototype 2 to kontynuacja wydanej w 2009 roku gry zręcznościowej charakteryzującej się otwartym światem. Tym razem wcielamy się w nową postać - Jamesa Hellera, który w wyniku epidemii stracił żonę i dziecko. Według byłego żołnierza osobą odpowiedzialną za ten stan rzeczy jest bohater pierwszej części, Alex Mercer. Ten, warto przypomnieć, był jednym z niewielu ludzi których zaraza – przy której gorączka krwotoczna z Zairu to małe piwko – zmieniła i dała moc świadomej zmiany własnego ciała przy zachowaniu jasności umysłu.